ka|jmpl|Patung dengan ukuran sebenarnya di Asbury Theological Seminary di Wilmore, Kentucky, Amerika Syarikat.

Seiring dengan berkembangnya jumlah perhimpunan, mereka mengadopsi unsur-unsur dari suatu sistem gerejawi. Jurang pemisah antara Gereja England dan Wesley semakin melebar. Pertanyaan seputar pemisahan diri dari Gereja England dilontarkan oleh sejumlah pengkhutbah dan perhimpunan, namun kebanyakan ditentang keras oleh Charles saudaranya. Wesley menolak untuk meninggalkan Gereja England, meyakini bahawa Anglikanisme "dengan segala nodanya, [...] lebih mendekati rencana-rencana Alkitabiah daripada yang lainnya di Eropa".[50] Pada 1745, Wesley menuliskan bahawa beliau akan membuat konsesi apa saja sejauh nuraninya mengizinkan, agar dapat hidup dalam damai dengan para klerikus. Beliau mengaku tidak dapat melepaskan doktrin tentang keselamatan batiniah yang dialami saat sekarang melalui iman; beliau tidak akan berhenti berkhutbah, tidak akan membubarkan perhimpunan, juga tidak akan mengakhiri pengkhotbahan oleh kaum awam. Sebagai seorang klerikus dari gereja resmi, beliau dikatakan tidak memiliki rencana untuk melangkah lebih jauh.[petikan diperlukan]

Pada 1746, ketika Wesley membaca laporan Peter King seputar gereja primitif, beliau menjadi merasa yakin kalau suksesi apostolik (suksesi rasuli) dapat diteruskan tidak hanya melalui para uskup (bishop), tetapi juga melalui para imam.[51] Beliau menuliskan bahawa beliau adalah "seorang episkopos alkitabiah seperti halnya banyak lelaki di England." Walaupun beliau pernah menyebut gagasan tentang suksesi tak terputus suatu "fabel", beliau percaya akan suksesi apostolik.[52]

Bertahun-tahun kemudian, Irenicon karya Edward Stillingfleet membuatnya memutuskan bahawa penahbisan (dan ketiga jenjang imamat) dapat dianggap valid atau sahih jika dilakukan oleh seorang presbiter (imam), tidak hanya oleh seorang uskup. Meskipun demikian, beberapa pihak meyakini bahawa Wesley telah secara diam-diam ditahbiskan sebagai uskup pada 1763 oleh Erasmus dari Arkadia, seorang uskup Ortodoks Yunani,[53] dan Wesley dianggap tidak dapat mengumumkan tahbisan episkopalnya secara terbuka kerana ancaman pidana berdasarkan Akta Præmunire.[54]

Pada 1784, beliau percaya kalau beliau tidak dapat lagi menunggu Uskup London untuk menahbiskan seseorang bagi kaum Metodis Amerika Syarikat, yang berada dalam keadaan tanpa khidmat sakramen setelah Perang Kemerdekaan Amerika Syarikat.[55] Gereja England telah dibubarkan di Amerika Syarikat, tempatnya pernah menjadi gereja negara di sebagian besar koloni selatan. Gereja England belum menunjuk seorang uskup Amerika Syarikat untuk memimpin jemaat yang kelak menjadi Gereja Episkopal Protestan di Amerika Syarikat. Wesley menahbiskan Thomas Coke sebagai "superintenden"[56] kalangan Metodis di Amerika Syarikat melalui penumpangan tangan, kendati Coke telah menjadi imam tertahbis dalam Gereja England. Beliau juga menahbiskan Richard Whatcoat dan Thomas Vasey sebagai presbiter. Whatcoat dan Vasey berlayar ke Amerika Syarikat bersama Coke. Wesley bermaksud agar Coke dan Francis Asbury (yang Coke tahbiskan sebagai superintenden sesuai arahan Wesley) semestinya menahbiskan yang lainnya dalam Methodist Episcopal Church yang baru terbentuk di Amerika Syarikat. Pada 1787, Coke dan Asbury meyakinkan kalangan Metodis Amerika Syarikat agar menyebut mereka sebagai uskup, bukan superintenden,[57] mengabaikan keberatan-keberatan Wesley terhadap perubahan tersebut.[58]

Saudaranya, Charles, khuatiri perkara pentahbisan tersebut dan evolusi pandangan Wesley seputar hal itu. Charles memohon agar Wesley berhenti sebelum beliau "benar-benar menghancurkan jambatan" dan supaya tidak menjadikan pahit saat-saat terakhir Charles di dunia ini, juga supaya tidak "meninggalkan satu noda yang tak terhapuskan pada ingatan kami."[59] Wesley menjawab bahawa beliau tidak terpisah dari gerejanya, juga tidak berniat demikian, namun beliau merasa harus dan akan menyelamatkan jiwa sebanyak yang beliau mampu selagi masih hidup di dunia ini, "tanpa perlu berhati-hati mengenai apa yang mungkin terjadi ketika saya mati."[60] Kendati Wesley merasa gembira bahawa kalangan Metodis di Amerika Syarikat bebas, beliau menyarankan agar para pengikutnya dari England tetap berada dalam gereja resmi dan beliau sendiri meninggal dunia di dalamnya.